『南方二書』柳田國男編（私家版小冊子） 1911年
『南方閑話』坂本書店 1926年
『南方随筆』岡書院 1926年
『続南方随筆』岡書院 1926年
■全集・選集・日記
『南方熊楠全集』全12巻 乾元社 1951?1952年
『南方熊楠全集』全10巻別巻2 平凡社 1971〜1975年
『南方熊楠選集』全6巻別巻1 平凡社 1984年
『南方熊楠日記』全4巻 長谷川興蔵編、八坂書房 1987〜1989年
■書簡集
『南方熊楠書簡集』紀南文化財研究会編、紀南文化財研究会（紀南郷土叢書・第11輯） 1981年 → 増補版1988年
『南方熊楠書簡抄 宮武省三宛』笠井清編、吉川弘文館 1988年
『南方熊楠書簡 盟友毛利清雅へ』中瀬喜陽編、日本エディタースクール出版部 1988年
『門弟への手紙 上松蓊へ』中瀬喜陽編、日本エディタースクール出版部 1990年
『竹馬の友 小笠原誉至夫宛書簡』長谷川興蔵・小笠原謙三編、八坂書房 1993年
『南方熊楠書翰 高山寺蔵 土宜法龍宛1893-1922』奥山直司・雲藤等・神田英昭編、藤原書店 2010年
『キノコ四天王 樫山嘉一宛南方熊楠書簡』吉川壽洋編、南方熊楠記念館 2011年
■往復書簡集
『柳田国男・南方熊楠 往復書簡集』飯倉照平編、平凡社 1976年／平凡社ライブラリー（上・下） 1994年
『南方熊楠・土宜法竜往復書簡』中瀬喜陽・長谷川興蔵編、八坂書房 1991年
『南方熊楠男色談義 岩田準一 往復書簡』長谷川興蔵・月川和雄編、八坂書房 1991年 （はしがき）稲垣足穂「南方熊楠児談義」、江戸川乱歩「岩田準一君の思い出」
稲垣足穂「南方熊楠児談義」（『稲垣足穂大全 第２巻』現代思潮社、1973年 所収）
『南方熊楠・リスター往復書簡』 山本幸憲編、南方熊楠邸保存顕彰会 1994年
『南方熊楠・平沼大三郎往復書簡〈大正15年〉』南方熊楠顕彰館（南方熊楠資料叢書） 2007年
『南方熊楠・小畔四郎往復書簡（全4巻）』南方熊楠顕彰館（南方熊楠資料叢書） 2008〜2011年
■著作（編者版）
『南方熊楠随筆集』益田勝実編、筑摩書房〈筑摩叢書〉 1968年／ちくま学芸文庫 1994年
『十二支考』全3巻 飯倉照平校訂、平凡社東洋文庫 1972〜73年、ワイド版2006年
『南方熊楠文集』全2巻 岩村忍編、平凡社東洋文庫 1979年、ワイド版2006年
『熊楠漫筆 南方熊楠未刊文集』飯倉照平・鶴見和子・長谷川興蔵編、八坂書房 1991年
『南方熊楠コレクション』全5巻 中沢新一編・解説、河出書房新社〈河出文庫〉 1991〜92年、新装版2015年
I 南方マンダラ、II 南方民俗学、III 浄のセクソロジー、IV 動と不動のコスモロジー、V 森の思想
『十二支考』（上・下）宮田登解説、岩波文庫 1994年、ワイド版2003年
『南方熊楠 珍事評論』長谷川興蔵・武内善信校訂、平凡社 1995年
『南方熊楠 履歴書 ほか』〈人間の記録84〉日本図書センター 1999年
■英文著作（編訳版）
『南方熊楠英文論考 「ネイチャー」誌篇』 飯倉照平監修・松居竜五・田村義也・中西須美訳、集英社 2005年
『南方熊楠英文論考 「ノーツ アンド クエリーズ」誌篇』 飯倉照平監修・松居竜五・田村義也・中西須美・志村真幸・南條竹則・前島志保訳、集英社 2014年
■復刻版
『南方随筆』萩原星文館 1943年
『南方随筆 正・続』復刻版 沖積舎 1992年
『南方二書 原本翻刻』南方熊楠邸保存顕彰会 2006年
■資料・目録
『南方熊楠菌誌』第1・2巻 小林義雄編・解説、八坂書房 1987-89年 ※熊楠の英文記載・和文解説
『南方熊楠菌誌』第1巻?第5巻 同上、南方熊楠記念館 1989-96年 ※改訂版
『南方熊楠菌類彩色図譜百選』小林義雄編、学伸社エンタプライズ 1989年
『南方熊楠記念館蔵品目録 資料・蔵書篇』南方熊楠記念館 1998年
『南方熊楠変形菌標本目録』萩原光博編、南方熊楠顕彰館 1999年
『南方熊楠邸蔵書目録』南方熊楠資料研究会編、南方熊楠邸保存顕彰会 2004年
『南方熊楠邸資料目録』南方熊楠資料研究会編、南方熊楠邸保存顕彰会 2005年
『南方熊楠プレパラート標本目録』萩原光博編、南方熊楠顕彰館 2005年
『南方熊楠菌類図譜』ワタリウム美術館編・萩原博光解説、新潮社 2007年 ※120枚を厳選。
■南方熊楠を題材とした作品 評伝・評論
『新潮日本文学アルバム58 南方熊楠』神坂次郎編・評伝、新潮社、1995年
『南方熊楠アルバム』中瀬喜陽・長谷川興蔵編 、八坂書房、1990年、新装版2004年
『南方熊楠 森羅万象に挑んだ巨人』 中瀬喜陽監修、平凡社〈別冊太陽 日本のこころ〉、2012年
『南方熊楠 人と思想』飯倉照平編、平凡社、1974年
『南方熊楠百話』飯倉照平・長谷川興蔵編、八坂書房、1991年
飯倉照平『南方熊楠 梟のごとく黙坐しおる』ミネルヴァ書房〈日本評伝選〉、2006年
中瀬喜陽編著『南方熊楠、独白 熊楠自身の語る年代記』河出書房新社、1992年
中瀬喜陽『覚書 南方熊楠』八坂書房、1993年
樫山茂樹『南方熊楠先生小伝』１・２（紀州政経社、昭和42年）
樫山茂樹『南方熊楠先生小伝』３・余禄（熊野郷土科学研究会、昭和48年、昭和49年）
雑賀貞次郎『追憶の南方先生』（紀州政経社、昭和51年）
楠本定一『紫の花天井に 南方熊楠物語』（あおい書店、昭和57年）
中瀬喜陽『素顔の南方熊楠』（田奈部豆本刊行会、平成１年）
南方文枝 『父 南方熊楠を語る』聞き手谷川健一、日本エディタースクール、1981年
南方（岡本）文枝『素顔の南方熊楠』谷川健一・中瀬喜陽編、朝日文庫（改訂版）、1994年
『父を語る 柳田国男と南方熊楠』 谷川健一編[注釈 7]、冨山房インターナショナル（新版）、2010年
岡本清造『岳父・南方熊楠』飯倉照平・原田健一編、平凡社、1995年
松居竜五・ワタリウム美術館編 『クマグスの森―南方熊楠の見た宇宙』新潮社〈とんぼの本〉、2007年
進士五十八 「南方熊楠 博物学者」『学術の動向』Vol.11 (2006) No.9 P3, doi:10.5363/tits.11.9_3
三好正史 「明治人の語学力」『近代日本の創造史』Vol.4 (2007) P38-39, doi:10.11349/rcmcjs.4.38
■小説
佐藤春夫『近代神仙譚 南方熊楠』 乾元社、1952年 / 河出文庫、2017年
神坂次郎『縛られた巨人 南方熊楠の生涯』 新潮社、1987年 / 新潮文庫、1991年
津本陽『巨人伝』 文藝春秋、1989年 / 文春文庫（上下）、1992年
阿井景子『超人』 講談社 1985年。改題『花千日の紅なく 南方熊楠と妻』 集英社文庫 1989年
東郷隆『名探偵クマグスの冒険』集英社、2008年。ロンドン時代の熊楠の活躍を描く
山田風太郎「風の中の蝶」−『明治波濤歌』に収録。新潮社、河出文庫、ちくま文庫ほか
千秋寺亰介（飛鳥昭雄）「怨霊記」シリーズ、徳間書店
■南方熊楠が脇役として登場
矢作俊彦＋司城志朗『海から来たサムライ』角川書店
全面改稿・改題し『サムライ・ノングラータ』ソフトバンク文庫
江戸川乱歩 「緑衣の鬼」。松村喜雄『乱歩おじさん 江戸川乱歩論』（晶文社、1992年）157頁より
この作品に登場する在野の粘菌学者夏目菊太郎は熊楠をモデルにしている。
辻真先『超人探偵南方熊楠』光文社文庫、1996年
■漫画
水木しげる『猫楠』 講談社（上下）、1992年。角川文庫ソフィア、1996年、講談社〈水木しげる漫画大全集080〉、2014年
岸大武郎『てんぎゃん -南方熊楠伝- 集英社、1991年
内田春菊『クマグスのミナカテラ』新潮文庫、1999年
荒俣宏監修 / シナリオ・千葉幹夫 / 画・みやぞえ郁雄『南方熊楠 自然を愛した人間博物館』
小学館版学習まんが人物館、1996年
シナリオ・亀井宏 / 画・小島利明『狂気か天才か 南方熊楠 エコロジーの先駆者』
コミック巨人再発見1・三友社出版、1995年
長谷邦夫『南方熊楠 永遠なるエコロジー曼荼羅の光芒 民話・粘菌・密教』
Diamond comics コミック世紀の巨人・ダイヤモンド社 1992年
■映画
山本政志監督『熊楠・KUMAGUSU』（主演渡辺哲、町田町蔵、出演泉谷しげる・室井滋ほか、1991年6月に撮影開始、10月完成予定であったが資金難で中止。2007年10月、弁慶映画祭においてパイロット版を上映）
神坂次郎企画・製作・脚本『南方熊楠・その人と生涯』（教育映画）
DVD
『学問と情熱 南方熊楠 萃点は見えたか…』 紀田順一郎（総合監修）、室田日出男（ナレーター） 紀伊國屋書店
DVDは下記をタイトル改題し、廉価再版した。
元版：谷川健一監修『ビデオ評伝シリーズ 第1巻 南方熊楠 学問と情熱』 紀伊國屋書店 1997年
■関連文献ー
単行本
中山太郎『学界偉人南方熊楠』冨山房、1943年
平野威馬雄『博物学者 南方熊楠の生涯』牧書房、1944年
新版『大博物学者 南方熊楠の生涯』 リブロポート、1982年
岡正雄『本屋風情』（中公文庫） ★
平野威馬雄『くまぐす外伝』濤書房、1972年／誠文図書、1982年／ちくま文庫、1991年
笠井清『南方熊楠』 吉川弘文館〈人物叢書〉、1967年、新装版1985年
笠井清『南方熊楠 人と学問』 吉川弘文館、1980年
笠井清『南方熊楠 親しき人々』 吉川弘文館、1982年
笠井清『南方熊楠外伝』 吉川弘文館、1986年
鶴見和子編著『日本民俗文化大系（4） 南方熊楠−地球志向の比較学』 講談社、1978年
『南方熊楠 地球志向の比較学』 講談社学術文庫、1981年。上記の解説を増訂
『コレクション鶴見和子曼荼羅（5） 南方熊楠のコスモロジー』 藤原書店、1998年。上記を改訂収録
鶴見和子『南方熊楠 萃点の思想 未来のパラダイム転換に向けて』 藤原書店、2001年、新版2021年。巻末に松居竜五と対談「南方曼陀羅をめぐって」
鶴見和子・頼富本宏『曼荼羅の思想』藤原書店、2005年 ★
松居竜五編『南方熊楠の謎 鶴見和子との対話』 藤原書店、2015年
松居竜五『南方熊楠 一切智の夢』朝日選書、1991年
松居竜五『南方熊楠 複眼の学問構想』慶應義塾大学出版会、2016年
松居竜五・小山謄・牧田健史『達人たちの大英博物館』講談社、1996年 ★
中沢新一『森のバロック』せりか書房、1992年／講談社学術文庫（抄版）、2006年
中沢新一『熊楠の星の時間』講談社選書メチエ、2016年 - 第26回南方熊楠賞記念出版
荒俣宏・環栄賢編『南方熊楠の図譜』青弓社、1991年
高沢明良『南方熊楠物語 信念を貫いた自由人の生涯』評伝社、1991年
高橋康雄『心に不思議あり 南方熊楠 人と思想』 JICC出版局、1992年
保永貞夫『南方熊楠 自然保護のさきがけ』 講談社火の鳥伝記文庫、1993年
仁科悟朗『南方熊楠の生涯』 新人物往来社、1994年
米山俊直『クニオとクマグス』 河出書房新社、1995年
近藤俊文『天才の誕生 あるいは南方熊楠の人間学』岩波書店、1996年
飯倉照平『南方熊楠 森羅万象を見つめた少年』岩波ジュニア新書、1996年
後藤正人『南方熊楠の思想と運動』 世界思想社、2002年
千田智子『森と建築の空間史 南方熊楠と近代日本』 東信堂、2002年
原田健一『南方熊楠 進化論・政治・性』 平凡社、2003年
神坂次郎『南方熊楠の宇宙 末吉安恭との交流』 四季社、2005年
橋爪博幸『南方熊楠と「事の学」』鳥影社、2005年
松居竜五・岩崎仁編『南方熊楠の森』方丈堂出版、2005年 - CD-ROM付き
武内善信『闘う南方熊楠 「エコロジー」の先駆者』勉誠出版、2012年
飯倉照平『南方熊楠の説話学』勉誠出版、2013年
唐澤太輔『南方熊楠の見た夢』勉誠出版、2014年
唐澤太輔『南方熊楠 日本人の可能性の極限』中公新書、2015年
杉山和也『南方熊楠と説話学』平凡社〈ブックレット 書物をひらく〉、2017年
環栄賢『密教的世界と熊楠』春秋社、2018年
伊藤慎吾・飯倉義之・広川英一郎『怪人熊楠、妖怪を語る』三弥井書店、2019年
伊藤慎吾『南方熊楠と日本文学』勉誠出版、2020年
鎌田東二『南方熊楠と宮沢賢治 日本的スピリチュアリティの系譜』平凡社新書、2020年
安藤礼二『熊楠 生命と霊性』河出書房新社、2020年
志村真幸『熊楠と幽霊』集英社インターナショナル新書、2021年
『新文芸読本 南方熊楠』河出書房新社、1993年4月
『南方熊楠を知る事典』講談社現代新書、1993年4月。松居竜五・中瀬喜陽ほか編
『南方熊楠 開かれる巨人』河出書房新社、2017年11月 - 論考集
『南方熊楠とアジア』勉誠出版〈アジア遊学144〉、2011年 - 執筆者は小峯和明ほか23名
『南方熊楠大事典』松居竜五・田村義也編、勉誠出版、2012年
南方熊楠顕彰会編『世界を駆けた博物学者 南方熊楠』南方熊楠顕彰会、2006年 ★
日本孫文研究会編『孫文と南方熊楠』汲古書院、2007年 ★
『超人南方熊楠展 図録』 朝日新聞社 1991年 ★
■雑誌特集
現代詩手帖 1987年7月号 特集：南方熊楠
『太陽 特集 奇想天外な巨人、南方熊楠』平凡社、1990年11月号、荒俣宏・田中優子ほか
改訂版『南方熊楠 奇想天外の巨人』平凡社〈コロナブックス〉 1995年
『特集 南方熊楠 現代思想』 1992年7月号 青土社
『季刊文学 特集＝南方熊楠』 1997年冬号（第８巻、第１号）岩波書店 ★
『特集 南方熊楠 ユリイカ 詩と批評』 2008年1月号 青土社
『國文學 特集 南方熊楠「ナチュラルヒストリーの文体」』 2005年8月号 学燈社
『科学 特集 南方熊楠「森の巨人がまいた胞子」』2013年8月号 岩波書店
『kotoba 南方熊楠 「知の巨人」の全貌』季刊誌コトバ：2015年春号 集英社